Dynamics of bacterial composition and the fate of antibiotic resistance genes and mobile genetic elements during the co-composting with gentamicin fermentation residue and lovastatin fermentation residue

YuanwangLiu，YaoFeng，DengmiaoCheng，JianmingXue，StevenWakelin，ZhaojunLi

期刊：Bioresource Technology IF:9.642

发表时间：2018年8月

作者单位：中国农业部植物营养与肥料重点实验室中国农业科学院农业资源与区域规划研究所土壤分子生态学联合实验室

亮点

•芽孢杆菌与庆大霉素的降解增强和OM和DOC的分解有关。

•芽孢杆菌与堆肥延长的嗜热阶段有关。

•堆肥过程中ARGs/MGEs的总丰度仍然很高。

•氨基糖苷类ARGs的丰度与MGEs有关。

文章摘要

在与庆大霉素和洛伐他汀发酵残留物（分别为GFR和LFR）共堆肥期间评估细菌群落组成的动态，以及13种抗生素抗性基因（ARG）和8种移动遗传元件（MGE）。使用新一代测序，确定了与堆肥不同阶段相关的关键细菌类群。最重要的是，属于厚壁菌门的芽孢杆菌与庆大霉素的降解增强，有机物（OM）和溶解有机碳（DOC）的分解以及堆肥循环的嗜热阶段的延长有关。在堆肥过程中，不同ARG/MGE的模式各不相同。然而，总数和标准化（细菌数量）拷贝都很高。各种ARG的丰度与细菌丰度和群落组成有关，个体ARG的变化模式受MGEs和细菌选择性的影响。

启因生物：启因生物-应用qPCR探索微生物世界